查驗中心以「致力法規科學，守護生命健康」（Regulatory Science, Service for Life）為願景，使命與任務如下：

(一)、協助衛生福利部從事醫藥品相關審查，在確保安全、療效及品質前提下，使國人儘速取得必需之醫藥品，以促進國人健康。

(二)、因應國家政策，發展法規科學環境，協助研擬符合國際潮流相關規範草案，提供業者諮詢，促進醫藥品之研發。

(三)、協助衛生福利部從事醫療科技評估，提升醫療資源合理運用，以增進國人健康價值。