2013年本中心同仁獲邀成為TFDA健康食品委員之一，參與健康食品查驗登記案中個案審查之技術審查工作。2014年協助TFDA辦理健康食品保健功效評估方法修訂之研究，準備「健康食品保健功效評估方法修訂草案」預告或公告所需之相關文件，包含「免疫調節」、「輔助調節血壓」、「輔助調節過敏體質」、「調節血脂」、「胃腸功能改善」等。2015年起TFDA正式委託本中心執行「健康食品查驗登記」計畫，辦理健康食品查驗登記新案審查及許可證換發、補發、展延、轉移、註銷及登記事項變更等相關業務。本中心因協助TFDA規劃及辦理健康食品查驗登記審查相關業務，成立臨時任務編組的「健康食品相關業務工作小組」。2017年於諮詢輔導中心之下成立「健康食品小組」。2017年起TFDA正式委託本中心執行「特殊營養食品查驗登記」計畫，辦理特殊營養食品查驗登記新案審查及許可證換發、補發、展延、轉移、註銷及登記事項變更等相關業務。