2013年本中心同仁獲邀成為TFDA健康食品委員之一，參與健康食品查驗登記案中個案審查之技術審查工作。
2014年協助TFDA辦理健康食品保健功效評估方法修訂之研究，準備「健康食品保健功效評估方法修訂草案」預告或公告所需之相關文件，包含「免疫調節」、「輔助調節血壓」、「輔助調節過敏體質」、「調節血脂」、「胃腸功能改善」等。
2015年起TFDA正式委託本中心執行「健康食品查驗登記」計畫，辦理健康食品查驗登記新案審查及許可證換發、補發、展延、轉移、註銷及登記事項變更等相關業務。本中心因協助TFDA規劃及辦理健康食品查驗登記審查相關業務，成立臨時任務編組的「健康食品相關業務工作小組」。
2017年於諮詢輔導中心之下成立「健康食品小組」。
2017年起TFDA正式委託本中心執行「特殊營養食品查驗登記」計畫，辦理特殊營養食品查驗登記新案審查及許可證換發、補發、展延、轉移、註銷及登記事項變更等相關業務。

1.    本小組匯集食品科學、保健營養、藥理毒理等專業人才，以相關科學知識及法規專業，承辦健康食品及特殊營養食品查驗登記案之審查，並以累積多年之審查經驗與法規解析應用能力，提供業者諮詢輔導之服務，此外，協助TFDA進行健康食品安全性分類判定、增修訂健康食品相關評估方法，及提供健康食品及特殊營養食品法規修訂之建議。
2.    健康食品及特殊營養食品(特定疾病配方食品及嬰兒與較大嬰兒配方食品)查驗登記案之審查範圍包括新案、許可證展延、變更、補換發及移轉等相關事項。
3.    業者諮詢輔導之服務包括健康食品及特殊營養食品之行政法規諮詢及查驗登記案之函文釋疑。