2007年查驗中心設立醫藥科技評估組，持續推動醫療科技評估 (Health Technology Assessment, HTA) 的臺灣模式。數年來，醫療科技評估藉由建立的尊重科學證據價值的原則，逐漸博得各方利害關係人，包括健保署、廠商、醫療服務提供者、被保險民眾等的肯定。

      在初期，查驗中心醫藥科技評估組主要協助健保署進行新藥收載的HTA評估；自2011年起，開始協助健保特材給付申請進行醫療科技評估，此些案件，主要是由健保署依據ㄧ定的原則委託查驗中心醫藥科技評估組進行醫療科技評估。查驗中心HTA研究員乃根據案件特性，針對藥品許可證持有者提出之新藥、新特材給付建議案件，在42個日曆天內進行療效與經濟審查與評估（包括臨床相對療效、成本效益與預算衝擊等）、相關科學實證的蒐集與提供我國適用性等分析報告，以作為全民健康保險藥物給付項目及支付標準共同擬訂會議審議之參考。

       醫藥科技評估組業務除了協助健保署外；另一方面，也協助政府衛生福利政策HTA評估業務，供國家健康政策制定者有充分的科學實證以進行決策，將有限的資源花在刀口上。查驗中心醫藥科技評估組業務案件類型主要包含：一般藥品、突破創新性新藥之行政審查、醫療科技評估及辦理健保專家諮詢會議作業，藥品給付協議評估，特殊材料之醫療科技評估，藥品案件之付費諮詢服務，特材或醫療服務項目之諮詢服務，醫療科技前瞻性評估、再評估以及衛生福利政策之醫藥科技評估研究案。查驗中心醫藥科技評估組將持續秉持執行系統性、透明度、無偏見、可被驗證實證為基礎之精神，讓決策者能有充份的資訊，做出最適合之決定。