台灣自1995年開辦全民健保以來，對於如何有效利用健保資源及避免不必要的醫療浪費，向來是備受關注的工作重點。當時的衛生署及健保局須在資源有限的情況下，滿足國人在健康照顧上的需求，故如何適切選擇給付項目、訂定給付標準，將資源花在刀口上，即為健保永續經營的嚴峻挑戰。
　　健保開辦之初，給付項目收載的訂定並未正式進行醫療科技評估（HTA），僅由專家學者審閱廠商申請資料進行評議決策。西元2000年，當時的健保局考慮引進醫療科技評估制度，以客觀且符合實證醫學精神的方式，進行健保決策的制定，此為醫療科技評估在台灣受到注意的開端。
　　2000年底健保署委託學者執行「台灣醫療科技評估之建立與執行計畫」，隔年我國多個衛生單位派員前往加拿大英屬哥倫比亞省的各類 HTA 機構進行考察，帶回許多寶貴資料，做為推動台灣HTA的重要參考藍本。
　　2007年8月成立醫療科技評估工作小組，承接健保局新藥評估案件，完成之評估報告做為健保局藥事小組會議審議藥品給付時之參考。2007年底，經董事會同意通過成立「醫藥科技評估組」，並報請衛生署核備，醫藥科技評估組正式於2008年4月1日成立。
　　醫藥科技評估組自成立以來，持續協助健保新藥收載之評估，且自2011年以後，逐步將評估範圍擴及健保特材給付案，並將醫療科技評估報告全文公開上網。2014年起，HTA也開始應用於某些特殊的創新醫療服務的評估。而後於2015年開始，推動病友參與以及接受衛生主管機關委託進行衛生健康政策HTA評估。2020年起，協助衛生福利部中央健康保險署規劃前瞻性評估（Horizon scanning, HS）；並於2022年協助建立醫療科技再評估機制（Health Technology Reassessment, HTR）。
　　2023年5月18日，為因應未來新興醫療科技、新藥之精準給付收載需求，提升HTA執行單位之量能、品質及人才培育，衛生福利部中央健康保險署偕同查驗中心與英國國家健康暨照護卓越研究院（National Institute for Health and Care Excellence, NICE）共同簽訂醫療科技評估合作協定，陸續展開相關交流活動，並借鏡英國推動經驗，成立國家醫療科技評估中心專責單位。
　　於2024年1月1日起，我國醫療科技評估除持續強化新醫療技術、藥品及醫材給付審查，提供藥物經濟學評估及政策評估，培育人才與促進國際交流合作外，亦協助執行平行送審相關作業，及協助暫時性支付藥品收載後之健保給付效益評估，以強化科學實證及價值為基礎之健保給付政策，加速收載藥品同時讓資源妥善運用，減輕健保及民眾負擔，增進全民福祉。
　　查驗中心醫藥科技評估組之組織架構原設有組長及2個小組(包含1個療效評估小組及1個經濟評估小組)，後續隨著業務範疇逐步擴增，於2024年5月擴展為設有組長、副組長及5個小組(包含2個療效評估小組、2個經濟評估小組以及1個專案管理小組)。目前醫藥科技評估組已擴展為六十多人的專業團隊，並尚在成長中。，其中約有15%具博士學位、75%具碩士學位及10%具學士學位，結合了具醫學、藥學、護理、統計、藥物經濟學、醫務管理、公共衛生等專業專職人才，執行醫療科技評估及政策HTA評估等業務。

　　醫療科技評估（Health technology Assessment, 以下簡稱HTA）之主要業務包含以下面向:

一、    辦理全民健康保險醫療服務及藥物給付項目與支付之醫療科技評估。
　　協助健保署針對藥品許可證持有者提出之新藥、新特材給付建議案件，進行療效與經濟評估（包括臨床相對療效、成本效益與財務影響等）、蒐集相關科學實證，或提供我國適用性分析報告，以作為全民健康保險藥物給付項目及支付標準共同擬訂會議審議之參考。

二、    執行健康政策評估、研究及建議。
　　協助政府健康政策研議與評估工作，主要目的為透過醫療科技評估方法學，評估各項規劃中或已執行政策之趨勢與脈動，以及政策推行後之效益，提供國家健康政策制定者相關之科學實證及建議，以協助短、中、長期衛生政策之研擬及規劃。

三、    發展及建立醫療科技評估方法及指引。
　　醫療科技評估可應用於藥品、醫療器材、手術處置、健康政策或醫療照護系統等範疇，以融合多元學科方法所形成的明確方法學，評估醫療科技在其生命週期之不同時間點的價值。HTA目的是提供決策者進行決策時的實證依據，以促進公平、有效與高品質之醫療系統。因此評估方法及指引之發展及建立為推動HTA之重要業務。

四、    提供醫療科技評估相關諮詢服務。
　　提供利害關係人（許可證藥品持有商）醫療科技評估相關的諮詢服務，以協助健保給付建議送審資料之完備性，並協助我國生技醫療產業之發展。

五、    辦理醫療科技評估人才培訓及推廣。
　　面對醫療科技評估專業人才需求日增，為培育醫療科技評估專業人才以及提升評估量能，持續辦理人才培訓業務，包括HTA課程設計與開發，為已在醫療科技評估領域工作的專業人士提供進階培訓和持續教育機會，以協助其專業知識的發展及技能的更新；以及提供學研合作機會，通過實習、工作坊和研究項目合作等方式，為學員提供專業知能及實際操作的學習機會，以增強其實務經驗。另外，為利公眾對於醫療科技評估報告及相關研究成果之了解，亦對外辦理相關推廣業務。

六、    促進國內外醫療科技評估之交流合作。
　　國內外醫療科技評估之交流合作業務，包括合作網絡建立、參與跨國界聯合研究項目、辦理或出席國際會議和研討會以及邀請國際專家來訪等：

1. 合作網絡建立，與國際醫療科技評估組織、國內外政府機構、國內外學術機構和產業組織建立合作關係，以促進知識交流和共享；
2. 參與跨國界聯合研究項目，探討醫療科技評估的新方法、技術和應用，並共享研究成果；
3. 辦理或出席國際會議和研討會，以促進醫療科技評估領域的學術交流和專業合作；
4. 邀請國際專家來訪，以促進相關知識和實務經驗的互相學習及分享。

七、    其他與醫療科技及健康政策評估相關之事項。